工藤新一怎么也沒想到，自己只是跟蹤兩個神秘黑衣人，就被人從背后打暈，
強行灌下了一種神秘的藥物。當他再次醒來時，身體竟不可思議地縮小成了小孩模樣。
看著鏡子里陌生的孩童面容，新一驚恐又慌亂，他知道如果黑衣組織發現自己還活著，
不僅自己性命難保，身邊的人也會陷入危險之中。在思考該如何應對這突如其來的變故時，
他想起了阿笠博士。新一急忙跑到阿笠博士家，好在博士相信了他荒誕離奇的經歷。
兩人正商討對策時，門外傳來了一陣急促的敲門聲。新一躲了起來，阿笠博士打開門，
發現是毛利蘭因為一直聯系不上新一，擔心他出事，所以來找博士詢問情況。
看到焦急的毛利蘭，新一靈機一動，在博士的配合下，編造了自己是“江戶川柯南”，
父母雙亡，暫居親戚家卻被虐待，所以逃出來的謊言。善良的毛利蘭一聽，
立馬就同情心泛濫，拉著柯南說要帶他回家，至少先有個容身之所。來到毛利偵探事務所，
毛利小五郎正翹著二郎腿，喝著啤酒，看著無聊的電視節目。“老爸，這是柯南，
他現在無家可歸，我們先收留他吧。”毛利蘭說道。小五郎瞥了柯南一眼，
不耐煩地說：“小蘭，我們家又不是慈善機構，哪能隨便收留人。”“爸爸！
”毛利蘭撒嬌地晃著小五郎的胳膊，“他好可憐的，就先讓他住下嘛。
”在毛利蘭的再三懇求下，小五郎才勉強同意。柯南心里暗暗松了口氣，
終于有了一個相對安全的落腳點，而且這里還是偵探事務所，
說不定能收集到有關黑衣組織的線索。然而，沒過幾天，小五郎就卷入了一起棘手的案件。
一位富商在家中遇害，種種證據都指向了小五郎。原來，案發當晚，小五郎曾受雇于富商，
去調查其夫人的出軌對象，而在他離開后不久，富商就被殺害了。
警方在現場發現了小五郎遺落的打火機，而且據鄰居證詞，
當晚還聽到了小五郎和富商激烈的爭吵聲。小五郎被帶到警局后，
大聲喊冤：“我真的沒有殺人！我只是去和他說了調查的結果，雖然我們有爭執，
但我離開的時候他還好好的！”但警方并不相信他的辯解，畢竟證據擺在眼前。
小蘭急得直掉眼淚，她堅信父親不會殺人。柯南也覺得事情有些蹊蹺，以他對小五郎的了解，
雖然這個叔叔愛喝酒、愛美女，但絕不是會殺人的人。于是，柯南決定暗中調查這個案件，
還小五郎一個清白。柯南重新勘察了案發現場，在一個隱蔽的角落發現了一些細微的纖維，
與現場任何物品的材質都不匹配。他還發現窗戶有被撬動過的痕跡，
而警方之前卻忽略了這個細節。通過走訪調查，
柯南得知富商夫人的出軌對象是一個有前科的混混，而且最近因為富商要和夫人離婚，
斷了他的財路，他曾揚言要給富商一點顏色瞧瞧。柯南將這些線索串聯起來，
終于推理出了真相。原來，那個混混在小五郎離開后，從窗戶潛入富商家中，殺害了富商，
并故意留下小五郎的打火機，偽造了現場，企圖嫁禍給小五郎。在柯南的引導下，
小蘭帶著警方找到了關鍵證據，最終混混被繩之以法，小五郎得以洗刷冤屈。經過這件事，
小五郎對柯南的態度有了很大轉變，雖然嘴上還是會嫌棄柯南是個麻煩小鬼，
但心里已經開始認可這個機靈的孩子。而柯南也正式在毛利家住了下來，
開始了一邊尋找黑衣組織線索，一邊協助小五郎破案的生活。柯南蹲在案發現場的飄窗下，
用放大鏡反復觀察窗框上的劃痕。陽光透過紗簾在灰塵上投下蛛網般的紋路，
當他發現劃痕邊緣帶著新鮮木屑時，瞳孔驟然收縮——這分明是案發當晚才留下的撬動痕跡！
"小鬼別亂跑！"目暮警官一把拎起柯南，"重要證物區不許隨便進。
"柯南故意把滑板甩在地板上，趁眾人目光被聲響吸引時，
將粘在指尖的藍色纖維悄悄抹在小五郎的袖口。等小蘭過來抱走他時，
他突然指著小五郎袖口驚呼："叔叔袖子上有奇怪的毛毛！和剛才我在窗戶縫里看到的好像！
"毛利小五郎頓時跳腳："開什么玩笑！我怎么可能......"他的聲音戛然而止，
因為目暮警官已經臉色凝重地掏出證物袋。柯南趁機拽住小蘭的衣角："大姐姐，
窗戶那邊的灰塵腳印好像和叔叔的皮鞋花紋不一樣呢。"深夜的事務所里，
柯南趴在桌上寫寫畫畫。當小五郎醉醺醺回來時，他故意把草稿紙揉成團扔進垃圾桶。
果不其然，等小五郎哼著跑調的歌翻找威士忌時，瞥見了紙上用蠟筆繪制的犯罪現場平面圖，
特別是那個被紅圈圈起來的飄窗標記。"這小鬼......"小五郎皺著眉頭展開紙團，
突然想起白天柯南的異常舉動。他摸出自己的偵探手冊，
在"窗戶線索"后面重重畫了個問號。第二天，柯南跟著小五郎重返現場。
當看到死者書房里被打翻的魚缸時，他故意用足球踢翻清潔工具，
清潔劑泡沫濺到地毯上的某處，瞬間泛起詭異的紫色——那是魯米諾試劑才會有的反應！
"等等！"小五郎突然叫停正在收隊的警察，"重新檢測地毯上的血跡分布！
尤其是魚缸附近！"他學著柯南的樣子蹲下身，發現魚缸底座邊緣沾著半枚模糊的指紋。
經過連夜比對，指紋屬于死者夫人的情人張川。當警方包圍他的出租屋時，
這個慣犯還在擦拭沾血的棒球棍。面對鐵證，他終于供認：案發當晚，
他趁小五郎離開后從飄窗潛入，本想勒索錢財，卻因言語沖突失手殺人，
隨后用小五郎遺落的打火機偽造現場。"干得漂亮啊毛利老弟！
"目暮警官拍著小五郎的肩膀。醉醺醺的偵探撓著頭傻笑，
突然瞥見躲在小蘭身后比耶的柯南。那小鬼狡黠的目光讓他心里咯噔一下——這場反轉，
恐怕沒那么簡單。柯南望著遠處閃爍的警燈，悄悄把藏在口袋里的微型竊聽器捏得更緊了些。
月光下，黑衣組織的謎團依然籠罩著這座城市，但他知道，每破解一個案件，
就離真相更近一步。情人節的氣息像融化的巧克力般彌漫在米花町街頭，
柯南望著便利店貨架上堆滿的心形禮盒，突然被毛利蘭一把拎起：“柯南，幫我選巧克力！
”玻璃櫥窗映出小蘭微紅的臉頰，她正對著手工巧克力區猶豫不決。
柯南踮腳看到包裝盒上印著“戀人限定”的字樣，心里莫名發緊。就在這時，
灰原哀抱著一摞推理小說路過，鏡片閃過冷光：“需要我提醒某位偵探，
今天可能會有案件發生哦？”果然，當天下午偵探事務所的電話就響了。
珠寶大亨的女兒鈴木園子哭著打來求救，
說自己準備在情人節派對上送給京極真的定情項鏈不翼而飛，更詭異的是，
派對現場還出現了用血畫成的玫瑰圖案。柯南和小蘭趕到鈴木家時，宴會廳里一片混亂。
園子揪著毛利小五郎的衣領：“叔叔！一定要在京極來之前找到項鏈，不然我死定了！
”小五郎漲紅著臉要拍胸脯保證，卻被柯南踩了下腳背。“姐姐，
項鏈消失前有沒有特別的人靠近過？”柯南眨著無辜的大眼睛問道。
園子突然捂住嘴：“對了！有個戴著口罩的服務生送過香檳，之后項鏈就不見了！
”柯南在現場展開地毯式搜索，在通風管道口發現了一枚袖扣。正當他準備爬上梯子查看時，
毛利蘭突然出現把他抱下來：“危險！這種事交給大人。”說著就要自己爬上去，
柯南急得直拽她衣角：“大姐姐！管道口有指甲油痕跡，犯人可能是女性！”經過一番推理，
真相逐漸浮出水面。犯人竟是園子的表姐，她因嫉妒妹妹的感情，策劃了這場鬧劇，
想用假血制造恐慌掩蓋偷項鏈的事實。當柯南用變聲器引導小五郎指出真兇時，
園子已經哭成了淚人。“園子！”京極真的聲音突然從門口傳來，
這位格斗高手捧著一束紅玫瑰，脖子上卻戴著那條丟失的項鏈，“在門口撿到這個，
還以為是你準備的驚喜。”夕陽西下時，柯南看著手挽手說笑的園子和京極真，
悄悄松了口氣。毛利蘭突然蹲下來，把一個包裝精美的小盒子塞給他：“柯南也有份哦！
雖然是小朋友，但情人節巧克力不能少。”當晚，小蘭接到了和葉、園子的電話，
約她去參加女子限定的情人節聚會。看著小蘭哼著歌出門的背影，柯南咬了口巧克力，
甜膩的滋味里帶著淡淡的惆悵。月光灑在事務所的窗臺，
他握緊了口袋里那枚沒送出去的卡通巧克力——有些心意，注定要藏在偵探的謎題里。
深夜的阿笠博士家，柯南抱著案件資料昏昏欲睡，突然被一陣玻璃器皿碰撞聲驚醒。
他揉著眼睛走向實驗室，
哀清冷的聲音：“APTX4869的解藥實驗又失敗了……”柯南屏住呼吸透過門縫望去，
月光下，灰原哀摘下標志性的紅框眼鏡，露出與往日截然不同的哀傷神情。
她手中的平板電腦亮起幽藍光芒，屏幕上赫然是黑衣組織的標志，
以及密密麻麻的藥物研究數據。“宮野志保……”柯南默念著這個熟悉又陌生的名字。
他終于明白，為何灰原總能精準指出案件關鍵，為何她對黑衣組織的行動了如指掌。
原來這個看似冷漠的女孩，竟是制造出讓他身體縮小藥物的核心成員。第二天在帝丹小學，
柯南試圖旁敲側擊。灰原哀卻像看透他心思般，將一顆糖塞進他嘴里：“江戶川同學，
有些真相知道得太早，可是會嘗到苦澀的滋味哦。”隨著調查深入，
柯南在博士家的暗格里發現了灰原哀的日記。泛黃的紙頁上記錄著她在組織的過往，
還有那句刺痛人心的話：“我親手毀掉了那么多人的人生，包括工藤新一……”一個暴雨夜，
黑衣組織的殺手突然襲擊博士家。千鈞一發之際，灰原哀擋在柯南身前，她的外套被劃破，
露出鎖骨處醒目的組織刺青。“你果然是宮野志保！”柯南攥緊拳頭。灰原哀卻冷笑一聲，
舉起手中的麻醉槍：“偵探先生，現在可不是敘舊的時候。”危機解除后，
灰原哀獨自站在陽臺上，望著城市的霓虹沉默不語。柯南走到她身后：“為什么不告訴我？
”“因為我害怕。”灰原哀難得露出脆弱的一面，“害怕你知道真相后，
會像組織那些人一樣，把我當成怪物……”柯南摘下眼鏡，
月光映出他堅定的眼神：“你只是個想找回正常生活的女孩，就像我想變回工藤新一一樣。
從今天起，我們不只是搭檔，更是同伴。”灰原哀微微一怔，
隨即恢復了往日的淡然：“說好了，偵探。要是你敢拖后腿，我可不會手下留情。”夜色中，
兩個小小的身影并肩而立。柯南知道，揭開灰原哀的真實身份，
只是通往黑衣組織真相的第一步。而他們的羈絆，也將在未來的無數個案件中，愈發深刻。
陽光透過帝丹小學的玻璃窗灑進教室，柯南和少年偵探團的孩子們圍坐在課桌旁，
桌上擺滿了手工課要用的彩紙、膠水和剪刀。步美捧著一張粉色卡紙，
眼睛亮晶晶地說：“我們來折愛心吧！聽說折滿一百個，愿望就能實現！
”元太嘴里塞著鰻魚飯飯團，含糊不清地說：“我要折個超級大的鰻魚飯，
這樣就永遠都吃不完啦！”光彥推了推眼鏡，煞有介事地反駁：“科學證明，
折紙并不能變成實物。不過我們可以做個偵探徽章！”柯南看著吵吵鬧鬧的伙伴們，
嘴角不自覺地上揚。雖然身體縮小后有諸多不便，但和這群天真爛漫的孩子在一起，