地球
日本 第三新東京市
城市的廣播不停地播報著“請關東中部地區的全體居民聽到廣播后迅速前往附近的避難所避難，重復一遍...今日中午日本政府下達了緊急事態警告，請關東中部地區的全體居民......”
一位身著白色襯衫，綠色背包的少年站在電話亭跟前打著電話“目前正處于非常時期，所有號碼均無法接通。。。。”
少年皺起眉頭，用稚氣未脫聲音自言自語到：“打不通啊。。。。怎么還沒來啊。”
“果然不應該因為一封信就過來的”
少年質疑起了自己的行為，他認為自己是被父親所需要才來到第三新東京市的。
這位少年，就是這個殘酷世界的主角：碇真嗣，十四歲，初中在讀。
在他很小時作為科學家的母親在一次他不知道的實驗意外中去世，毫不關心他的父親直接把年幼的真嗣扔到了親戚家，獨自一人走了，從小到大沒聯系過真嗣一次。從此真嗣寄人籬下，再也沒有體會過什么是親情。
前段時間失蹤了大幾年的父親突然給他寫了封信，沒有任何問候，關懷，連基本的禮貌都沒有，信上就兩個字“過來”其余部分全是黑的。
抱著被父親所需要的想法，真嗣就離開了本就不想呆下去的親戚家，來到了第三新東京市。
他對父親還是抱有幻想，他渴望見到親生父親。
根據隨著信一塊被送過來的明信片，會來接他的人是一個穿著。。。。挺大膽的妹子。。。。他已經傻站在這好久了，都沒等到。
“不管了先去避難吧，反正電話也打不通”
雖然完全不知道為什么會發布這個疏散命令，但是繼續待在這里不安全是肯定的。
忽然一瞬間，他看到了一位藍發女孩站在馬路上，但是當他想仔細看的時候，藍發女孩消失了
就在他打算離開時，耳邊傳來了巨型生物踩在地上發出的巨響。
“轟”
周圍的建筑劇烈的晃動了起來，大地都在顫抖，真嗣抬起了頭，看到了。。。。令人恐懼的生物。
天空出現了軍方的攻擊直升機，上面印著兩個英文字母“UN”代表著這是屬于聯合國的軍隊。直升機不斷退后一只幾十米高的巨型生物出現在真嗣的眼前，它長著人的外型，身體的主體顏色是墨綠色，身軀的一部分覆蓋著白色的外殼，可能是甲胄，頭與肩膀平齊，雙手的手肘關節處長著一對長長的。。。。尖刺。。？胸口有一枚巨大的核心，小腦袋的嘴是尖的，兩個黑洞洞的眼睛時不時還會眨一下。完全不像人類已知的任何一種生物。
第三使徒——水天使
距離戰場很遠的某個基地“不明物體正朝基地方向移動”確認目標影像，投射至屏幕，一個老年人與一個帶著眼鏡，手套焊嘴上的中年人看著那個怪物
“時隔十五年了”
“毫無疑問，是使徒”
這是什么啊！！！真嗣看到如此恐怖的怪物，心中產生了本能的恐懼。
聯合國軍的武裝“嗖嗖！”兩枚導彈劃過真嗣頭頂，在使徒的身上爆炸了，但是使徒貌似只是受了點沖擊，導彈全部命中目標！啊！，一發激光從使徒的手上射出，打爆了一架直升機。
真嗣略猶豫了一會后扔下行李就跑了，他已經能感受到導彈爆炸的沖擊波與熱浪了，他不想死在這。
轉向另一邊的基地聯合國軍的長官們焦急得關注著戰況“空軍無法阻止這玩意前進！”“發動總攻！把所有兵力派出去！”“不要在乎損失，無論如何都要摧毀目標！”說著其中一名長官捏斷了手里的鉛筆。
在盤山公路上的車載導彈一齊開火，天上的戰斗機向水天使發射了巨大的空對地導彈，水天使徒手接住導彈，一把將其捏爆。無論軍隊怎么攻擊，水天使都毫發無損。
“不可能！攻擊已經全部命中目標了！”“該死！戰車團全滅，導彈和炮擊也不起作用，這到底是什么怪物啊！”
“是AT立場，都說了普通武器對它是不會有效果的了”坐在最高處的中年人胸有成竹的說
軍隊長官用隨身攜帶的卡掃開了一部電話“準備使用n2地雷！讓部隊吸引它去。。。。。”
“不會有用的。。。中年人小聲嘲諷道”這個中年人就是這座基地（NERV）的司令——碇源堂，同時也是碇真嗣的父親。
“突發情況！”
技術員慌張地大喊著“有一個紅色的大型球體突破了大氣層，正在以五馬赫的速度墜落！同時檢測到了無法估量的能量數值！”即使穩如碇源堂，這個時候也皺起了眉頭“劇本外的情況嗎？”
與此同時，一輛藍色的汽車正在城市中飛奔“
這個時候找不到人，真頭大啊。。。”
車內一位穿著黑色連衣裙，帶著墨鏡的年輕女性吐槽道，四處看著已經亂糟糟的街道
她就是明信片上的人：葛城美里
她打開車窗，正好抬頭，然后她就愣住了摘下了墨鏡。
“騙人的吧。。。。”
她看到一個巨大的紅色的球體正在快速下墜，預計會落在使徒的身上。
紅球中，自然是我們的賽兔子了！
“我了個q。。。。這是什么啊？！”
賽羅在腦海里快速的回憶了一下自己打過的各種怪獸、超獸、宇宙人、異生獸，沒有一個和這種生物對的上的，不過看到它正在破壞城市，賽羅毫不猶豫的決定將其消滅
“先把它撞離城市！然后就可以沒有顧慮的消滅它了”賽羅這么想道。
與此同時，真嗣停下了逃跑的腳步，驚訝地望著頭頂快速墜落的紅球
“又來了一個怪物嗎？”突然他的思緒被一聲聲慘叫聲打斷。
他看到了一架墜毀的直升機附近有一只被建筑物碎塊壓住的小貓。
“怎么說也是一條生命啊。。。”在經過心理斗爭后，真嗣沖上去把小貓拉了出來，他雖然怕死，但是也不忍心見死不救，但是剛跑出去沒多遠，水天使飛起來一下把直升機踩爆了。
真嗣感受到了死亡的降臨，他下意識地用自己的身軀護住了小貓，然后緊緊地蜷縮起來。
賽羅目睹了這件事，憤怒地撞了上去，一把將使徒撞出去老遠，水天使掉在了一片空地。
使徒倒在地上，受了重傷，努力的想起來，它的核心已經開始出現了裂紋。
好弱啊？賽羅驚訝的看著
“我要不試試直接撞死它吧”。
說罷賽羅馬力全開，開著紅球撞了上去！
使徒爆炸了，十字型的光線沖上了天空。閃耀在每一個觀看的人面前。